Door het gebruik van een variatie aan natuurlijke materialen in kikkerbakken is er geen ontkomen aan dat er verschillende soorten schimmels in de bak terecht komen. Mogelijk sterven vele soorten af in de omstandigheden waaronder wij de dieren houden, waardoor ze voor ons nooit zichtbaar worden. Toch zijn er ook schimmels die voor het blote oog gemakkelijk zichtbaar worden doordat ze vruchtlichamen (paddenstoelen) gaan vormen.